Anche a terra, come in mare, la natura si esprime in paesaggi ed ambienti di straordinario valore. Nonostante l'antica frequentazione umana dell'Arcipelago, abitato sin dal Neolitico, sulle isole domina ancora una rigogliosa vegetazione. Non ci sono più le antiche foreste di leccio (Quercus ilex), tagliate per alimentare i forni di riduzione sin dai tempi degli Etruschi, che per primi sfruttarono le risorse minerarie del territorio.

Su tutte le isole sono evidenti i segni della storia e della mano dell'uomo: splendidi resti di ville e terme romane, di antichi insediamenti, e ovunque, sulle alture, sulle scogliere e nei porti, torri d'avvistamento, forti e castelli, testimonianze del tentativo di difendersi dalle incursioni dei pirati e dalle scorribande dei saraceni. Sui fondali, preziosi resti di naufragi, di battaglie e di assalti. E poi le chiese e le pievi, rifugio di eremiti. E all'Elba anche le testimonianze dei Medici di Firenze e dell'esilio di Napoleone Bonaparte.

Oltre alla millenaria presenza dell'uomo, i fattori principali che influenzano la vegetazione e la flora dell'Arcipèlago sono il clima mediterraneo, l'insularità, le antiche connessioni con la penisola italiana e con il sistema sardo-corso. Oggi su tutte le isole domina la macchia mediterranea, con le sue molteplici sfumature di verde, con i suoi profumi, con i colori dei suoi fiori e dei frutti. Nella macchia alta possiamo trovare lecci cedui, corbezzoli (Arbutus unedo), ornielli (Fraxinus ornus), alaterni (Rhamnus alaternus), eriche (Erica arborea, E. scoparia) o anche sughere (Quercus suber) e roverelle (Q. pubescens). Quando la macchia si fa più bassa predominano arbusti più piccoli come il lentisco (Pistacia lentiscus), il mirto (Myrtus communis), la fillirea (Phillyrea latifolia); e poi ancora i Cisti (Cistus monspeliensis, C. incanus, C. salvifolius), con la loro esplosione di fiori. Sui pendii particolarmente assolati spicca il giallo intenso delle splendide ginestre (Calicotome spinosa, Spartium junceum, Citysus scoparius) e lungo la costa il verde brillante dei grossi cespugli di euforbia (Euphorbia dendroides). Quando la vegetazione degrada a gariga prevalgono gli arbusti aromatici come il rosmarino (Rosmarinus officinalis) e la lavanda (Lavandula stoechas). Lungo le coste e sulle scogliere l'odore di salsedine si mischia ai profumi dell'elicriso (Helichrysum litoreum) e del ginepro fenicio (Juniperus phoenicea); nelle zone più esposte, dove arrivano gli spruzzi dell'acqua marina, si trova il finocchio di mare (Crithmum maritimum), spesso associato a varie specie endemiche del genere Limonium: una diversa per ogni isola dell'Arcipelago!

Sulle pendici e nelle fresche valli del monte Capanne all'Elba, troviamo boschi di castagno (Castanea sativa), il tasso (Taxus baccata), vera rarità botanica relitto di epoche glaciali, il carpino nero (Ostrya carpinifolia) e specie tipiche di orizzonti montani come il giglio di S. Giovanni (Lilium bulbiferum croceum) o la felce reale(Osmunda regalis).

L'isolamento geografico ha favorito la presenza di numerosi endemismi vegetali, come la Linaria capraria, pianta dai delicati fiorellini rosa che vive solo nell'Arcipelago. Sono endemici dell'Elba il fiordaliso del Capanne (Centaurea dissecta ilvensis), la Centaurea aplolepa aetaliae, la Viola corsica ilvensis e di Capraia la Centaurea gymnocarpa, l'orchidea gialla (Orchis provincialis capraria), la Mentha requienii bistaminata. Significativa la presenza di specie appartenenti al contingente sardo-corso come il candido giglio di mare illirico (Pancratium illyricum).

Tra gli animali non si trovano invece numerosi endemismi. I più importanti sono fra gli invertebrati, come i molluschi terrestri Tacheocampylaea tacheoides e Oxychilus pilula di Capraia e O. gorgonianus di Gorgona. Interessanti dal punto di vista biogeografìco sono le presenze del venturone corso (Serinus citrinella corsicana), della raganella (Hyla sarda), del discoglosso sardo (Discoglossus sardus), del geco tarantolino (Phyllodactylus europaeus), del grillo (Rhacocleis tyrrhenica). Molto diffuse su tutte le isole sono le lucertole (Podarcis muralis e P. sicula), che si sono evolute in diverse sottospecie; il serpente più comune dell'Arcipelago è l'innocuo biacco (Coluber viridiflavus), mentre la velenosa Vipera aspis è presente solo all'Elba e Montecristo. Decisamente rara la martora (Martes martes), unico mustelide del Parco, un agile predatore che vive nei boschi del monte Capanne.

A Montecristo e presente la Capra aegagrus hircus e al Giglio e a Capraia è diffuso il coniglio selvatico (Oryctolagus cuniculus). Altri mammiferi introdotti hanno invece creato non pochi problemi di tutela. All'Elba, estinto sin dall'inizio dell'Ottocento il cinghiale maremmano, è stato introdotto una trentina di anni fa il cinghiale centroeuropeo (Sus scrofa). Questa specie, fortemente prolifera, in assenza di predatori naturali, si è riprodotta a dismisura, divenendo un serio problema per la tutela, degli endemismi floristici e la salvaguardia delle colture agricole.