Tutto intorno a queste isole cosi diverse e così "lontane", il "mare unificante". Un mare che, nella lunga storia geologica dell'Arcipelago, con le sue regressioni e risalite, ha più volte cambiato la forma e il numero delle isole, le ha unite e staccate tra di loro e con il continente, governandone così i popolamenti animali e vegetali, e la storia dell'uomo. Un mare straordinario, continuamente diverso per i differenti tipi di costa, di scogliere e di fondali, un mare pulito e ricco di vita animale e vegetale.

Nella fascia costiera compresa tra il livello minimo e massimo di marea vivono numerose patelle (Patella spp.) e denti di cane (Chthamalus stellatus). Il rosso pomodoro di mare (Actinia equina), indicatore biologico di acque non inquinate, apre il suo ventaglio di tentacoli ad ogni nuova alta marea, mentre il granchio corridore (Pachygrapsus marmoratus) si sposta velocemente in cerca di detriti.

Nella prima fascia che resta sempre sommersa, il piano infralitorale, le rocce sono ricoperte da numerose alghe amanti della luce, come la Padina pavonica, la lattuga di mare (Ulva laetevirens), la Dictyota dichotoma e da specie termofile come l'alga verde unicellulare Àcetabularia acetabulum con i suoi inconfondibili ombrellini o il pennello da barba di Nettuno (Penicillus capitatus), alga verde che arrivata dalle zone più calde dell'Atlantico, ha fatto dell'Arcipelago il suo habitat di elezione per tutto il Mediterraneo. La presenza massiccia di alghe richiama numerosi ricci come il Paracentrotus lividus e l'Arbacia lixula, a loro volta predati dai saraghi (Diplodus sargus, D. vulgaris), e poi donzelle comuni (Coris julis} e coloratissime donzelle pavonine {Thalassoma pavo), la cui livrea tradisce la provenienza da mari più caldi. Tra le rocce si possono anche scorgere le rosse stelle di mare (Echinaster sepositus), un polpo (Octopus vulgaris) o la rara orecchia di mare (Haliotis lamellosa), spesso raccolta viva per collezionare la sua conchiglia madreperlacea.

I fondali sabbiosi sono ricoperti da autentiche foreste sommerse, le praterie di Posidonia oceanica, polmone verde del nostro mare, insostituibile per numerose specie che qui si riparano e si nutrono e straordinaria barriera di protezione contro l'erosione delle coste antistanti.La posidonia è una fanerogama marina, una vera pianta e non un'alga, organizzata in radici, fusto, foglie e fiori. Boghe (Boops boops) e salpe (Sarpa salpa) si nutrono direttamente delle sue foglie e nascosti tra i ciuffi si possono scorgere scorfanotti (Scorpaena notata), tordi (Labrus viridis), seppie (Sepia officinalis) mimetizzate e con un po' più di fortuna anche, gli ormai rari cavallucci marini Hippocampus guttulatus), gli strani pesci ago (Syngnathus typhle) e il più grande bivalve del Mediterraneo, la Pinna, nobilis.

Esperienza indimenticabile è quella di immergersi tra le incredibili tavolozze di colori di una tra le più minacciate biocenosi marine: il coralligeno, rappresentato nel Parco anche dall'ormai raro corallo rosso (Corallium rubrum).

E qui, dove si concentra la maggior parte della vita sottomarina, che potremo scoprire pareti coperte dalle alghe e dalle spugne più colorate, dalle gialle margherite di mare (Parazoanthus axinellae) e Leptosammia pruvoti o ammirare i bellissimi ventagli delle gorgonie (Eunicella cavolinii, E. singularis, Paramuricea clavata). Nelle fessure e nelle tane fanno capolino l'aragosta (Palinurus elephas), la Muraena helena, l'astice (Homarus gammarus), il grongo {Conger conger), la magnosa (Scyllarides latus). Ormai nelle acque dell'Arcipelago, anche grazie alla protezione accordata dal Parco, è abbastanza facile vedere grossi dentici (Dentex dentex), orate (Sparus auratus), spigole (Dicentrarchus labrax) e pesci luna (Mola mola).

Fortunatamente lungo le nostre coste stanno ricomparendo giovani.esemplari di cernia bruna (Epinephelus marginatus), specie fortemente minacciata dalla pesca e da tempo in grave pericolo. Le tartarughe (Caretta caretta) non depongono più le uova sulle spiagge dell'Arcipelago, ma sono comunque presenti nel nostro mare, al contrario della foca monaca, (Monachus monachus), unico pinnipede del Mediterraneo, purtroppo ormai scomparsa. In questo mare di straordinaria bellezza sono custodite specie altrove ormai rare come il tritone (Charonia lampas), dalla grande e bella conchiglia, le lucentissime cipree (Luria lurida) e il falso corallo nero (Gerardia savaglia) con i suoi polipi gialli. E sono sempre più frequenti gli incontri con gli splendidi mammiferi del Santuario Internazionale dei Cetacei: tursiopi (Tursiops truncatus), stenelle (Stenella coeruleoalba), delfini (Delphinus delphis) e i giganti del nostro mare, la balenottera comune (Balaenoptera physalus) e il capodoglio (Physeter macrocephalus), frequentano le acque dell'Arcipelago tutto l'anno, ma gli avvistamenti sono più facili nelle stagioni intermedie un motivo in più per visitare il Parco in primavera ed autunno.